修正申告と更正の請求｜税務調査で損しないための実務判断を元国税の税理士が解説
川口 誠過去の確定申告内容に誤りを見つけたり、税務署から連絡を受けたりして、どのように対応すればよいか迷っている方もいるのではないでしょうか。
申告内容を訂正する手続きには、主に追加で税金を払う「修正申告」と、払いすぎた税金を取り戻す「更正の請求」があります。
それぞれの違いを正確に理解しておくと、余計な加算税を避けられるだけでなく、取り戻せるはずの税金を取り逃すことも防げます。
前半では、それぞれの手続きの仕組みや期限、税務調査での基本的な対応を解説します。
後半では、税務調査で税額が減ったときに税務署が自主的に還付してくれるのか、個人と法人の二重課税、修正申告後の更正の請求の期限、税額の増減の通算を取り上げます。
特に二重課税と増減の通算は、一般的な解説ではあまり触れられない論点です。最近実際に対応したケースと、税務署側の実務の扱いを踏まえて解説します。
まずは基本から。「修正申告」と「更正の請求」の明確な違い
「修正申告」と「更正の請求」は、どちらも過去に提出した申告書の内容を訂正する手続きです。
しかし、税金が「増えるのか」「減るのか」という目的が異なります。
まずは2つの手続きの全体像を、以下の比較表で確認しておきましょう。
| 項目 | 修正申告 | 更正の請求 |
|---|---|---|
| 目的 | 不足している税額の追加納付 | 払いすぎた税額の還付請求 |
| 税額の変動 | 増額（追加で払う） | 減額（取り戻す） |
| ペナルティ | 加算税や延滞税が課される可能性あり | なし |
修正申告とは？追加納税の仕組みとペナルティ（加算税・延滞税）
修正申告は、国税通則法第19条に基づく手続きです。
確定申告で計算した税額が本来より少なかった場合や、還付される金額が多すぎた場合に、不足分の税金を追加で納付するために行います。
自ら誤りに気づいて修正する場合のほか、税務調査で指摘を受けて行うケースもあります。
注意すべき点は、修正申告には本税の追加納付に加えて、ペナルティが課される場合があることです。
具体的には、申告額が少なかったことに対する「過少申告加算税」や、納付が遅れたことに対する「延滞税」です。
ただし、税務調査の調査通知を受ける前に自主的に修正申告をした場合は、過少申告加算税はかからず、延滞税のみが対象となります。
また、期限までに申告していなかった場合は「無申告加算税」が課されることもあります。
これらのペナルティは、対応が遅れるほど金額が膨らむ傾向があるため、迅速な対応が求められます。
更正の請求とは？払いすぎた税金の還付手続きと期限
更正の請求は、国税通則法第23条に定められた手続きです。
申告時に経費の計上漏れや計算ミスがあり、本来納めるべき税額よりも多く支払ってしまった場合に、税務署に対して還付を求めることができます。
不足分を追加で支払う修正申告とは異なり、更正の請求を行うこと自体にペナルティが課されることはありません。
ただし、請求できる期間には制限があります。
原則として、各年分の法定申告期限から5年以内に行う必要があります。
期限を過ぎてしまうと、払いすぎた税金を取り戻すことができなくなるため、誤りに気づいたら早めに準備を進める必要があります。
更正の請求は税務調査のきっかけになる？税務署の実情とリスク
払いすぎた税金を取り戻したい一方で、還付を求めると税務署に目をつけられ、かえって税務調査を誘発するのではないかということを聞いたことがあるかもしれません。
ここでは、更正の請求と税務調査の関連性について解説します。
更正の請求が税務調査を誘発しやすいケースとその理由
更正の請求が行われると、税務署はその内容が本当に正しいかどうかを厳格に審査します。
税務署としては、一度確定した税金を国庫から返還することになるため、慎重な確認が必要となるからです。
そのため、すべての請求ですぐに調査が入るわけではありませんが、税務調査に発展しやすいケースが存在します。
還付を求める金額が多額である場合や、取引内容が複雑な場合は、書面だけで事実関係を把握するのが難しいため、調査官が直接確認に来る可能性が高まります。
特に、還付額が大きいのに、添付書類との整合性が取れていない場合はなおさらです。
説明がつかない部分は認められず、確認の過程で別の申告漏れが見つかれば、追加で納税することにもなりかねません。
とはいえ、請求内容が正しく、根拠となる書類がそろっていれば、調査を過度に恐れる必要はありません。次に説明する準備を整えたうえで進めましょう。
税務調査のリスクを抑える申請のポイント
税務調査のリスクを極力回避しつつ、スムーズに還付を受けるためには、事前の周到な準備が欠かせません。
最も重要なのは、なぜ税金が減るのかという請求理由を明確にし、それを裏付ける客観的な証拠書類を漏れなく添付することです。
領収書、請求書、契約書などの関係書類を整理し、誰が見ても納得できる状態にしておく必要があります。
従来は税務署の担当部署が請求内容を確認していましたが、近年は内部事務のセンター化に伴い、業務センターが一次的な窓口となると聞いています。
そのため、事情を知らない担当者でも書面だけで判断できるよう、請求内容と添付書類の整合性を確保しておくことが、これまで以上に重要になっています。
特に、還付額が大きい場合は、提出前に請求額と添付書類を突き合わせ、どの書類がどの金額に対応するかを分かりやすくしておくと、確認がスムーズになります。
書類に不備があったり、根拠が曖昧だったりすると、税務署から詳しい説明を求められる原因になります。
少しでも不安がある場合は、無理をせずに税理士の意見を仰ぐなど、確実な手続きを心がけることが大切です。
税務調査時の修正申告・更正の請求の対応
ここでは、調査の過程において修正申告や更正の請求がどのような意味を持つのか、正しい対応方法について解説します。
調査前の「自主的な修正申告」でペナルティを軽減
税務調査の調査通知を受けた後でも、調査官から誤りを指摘されるなど、調査による更正を予知する前であれば、打つ手は残されています。
この期間に自ら申告内容の誤りを見つけ、自主的に修正申告を行った場合、ペナルティが大幅に軽減される制度があります。
通常、税務調査の指摘を受けてから修正申告を行うと、追加税額に対して原則10％（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15％）の過少申告加算税が課されますが、調査通知を受けた後でも、調査による更正を予知する前に自主的に修正申告すれば、原則5％（同じく超える部分は10％）に軽減されます。
もし申告漏れに心当たりがあるのなら、調査が本格化する前に早急に行動を起こすことが、金銭的リスクを下げる有効な手段となり得ます。
調査官からの「修正申告の勧奨」は断れる？応じるメリット・デメリット
税務調査が進み、終盤になると、調査官から修正申告書を提出するよう勧められることがあります。
これを修正申告の勧奨と呼びますが、勧奨はあくまで納税者の任意の協力を求めるものであり、応じないからとって不利益を被るものでもありません。
調査官の指摘に納得できなければ、修正申告を断るというのも一つの選択肢です。
修正申告に応じた場合は、その内容について後から不服申し立てをすることはできず、争う手段は更正の請求に限られます。調査官は勧奨の際、この点を説明し、その旨を記載した書面を交付しなければならないとされています（国税通則法第74条の11第3項）。勧奨に応じるかどうかは、指摘内容に納得できるかを見極めてから判断しましょう。
断った場合、税務署は一方的に税額を決定する「更正処分」を行います。
この更正処分に対しては、国税不服審判所などに不服申し立てを行い、正式に争うことが可能です。
ただし、争う姿勢を見せることにはデメリットも伴います。
不服申し立ての手続きは長期化しやすく、最終的に主張が認められなかった場合には、その期間中の延滞税がさらに膨らんでしまうからです。延滞税の増加を避けたい場合は、更正処分による税額をいったん納付したうえで争う方法もあります。
指摘内容の正当性や争うための証拠、そして時間や費用といった全体像を見据えた判断が求められます。
税務調査で税額が減ったとき、税務署は自主的に還付してくれるのか
税務調査の結果、経費の計上漏れなどが見つかり、当初申告より税額が少なかったと判明することがあります。
「気づいたのは税務署なのだから返してくれるはず」と思いがちですが、実務では「還付を受けたいなら、ご自身で更正の請求をしてください」と案内されるのが一般的です。
税額の払いすぎが判明しても、税務署がその場で還付処理（職権による減額更正）をしてくれるとは限りません。
法律上は、調査で申告内容の誤りが判明すれば税務署が更正する建前ですが、実務では「払いすぎた税金は、納税者自身が更正の請求で取り戻すのが原則」という考え方で運用されています。
ただし、後日あらためて更正の請求を行うのは手間がかかります。
実務上は「この調査のなかで還付分もあわせて処理してほしい」と依頼してみる方が負担は軽くなります。
応じる義務はないものの依頼自体に不利益はないため、まずは調査の場での処理をお願いし、断られたら更正の請求に切り替えるのが現実的です。
税務調査で個人の売上が法人に認定されたときの二重課税と更正の請求
一人で事業も法人経営も手がけている方などで、本来は法人に帰属すべき売上を、誤って個人の確定申告に含めてしまっているケースがあります。
税務調査でこの点を指摘されると、その売上は法人の売上として認定され、法人側で追加の課税が行われます。
ここで問題になるのが二重課税です。
同じ売上について、個人ですでに所得税を納め、さらに法人でも課税されると、一つの売上に二重に税金がかかってしまいます。
前の項目では「減額は納税者自身の更正の請求で」が実務の原則だと説明しましたが、このケースは事情が異なります。
そのため実務では、法人側で売上を認定して課税する一方、個人側は払いすぎた税金を税務署の職権による減額更正で調整するのが通常です。
法人の担当部門から個人の担当部門へ内部の連絡票で引き継ぎ、双方の処分に食い違いが出ないよう調整する扱いが、税務署内部の事務手続きとしても定められています。
ただし、この調整が確実に行われるとは限りません。
個人側の減額更正が漏れれば、二重課税のまま放置されてしまいます。この場合、個人が自分で更正の請求をして取り戻すのではなく、税務署が職権で減額更正を行うのが本来の筋です。
個人ですでに納税している以上、法人側で売上を認定するなら個人側の減額更正もあわせて行うのが当然だからです。
法人側で認定された場合は、更正の請求ではなく職権による減額更正を行うよう、調査官に必ず主張することが大切です。
そのうえで、職権による減額更正が実際に行われたかは、必ず通知書で確認してください。万一漏れていた場合に備え、個人側の法定申告期限から5年以内であれば、自分で更正の請求をすることもできます。また、個人で消費税を納めていた場合は、消費税も同じように二重になっていないか確認が必要です。
実務で判断に迷いやすいケースの疑問
申告のやり直しにおいて、修正申告と更正の請求が入り組んだ複雑な状況になることも珍しくありません。
ここでは、実務上判断に迷いやすいケースについての疑問にお答えします。
修正申告を行った後でも、更正の請求はできる？
過去に税務調査などで一度修正申告を行った後に、その修正内容自体に誤りがあり、結果的に税金を払いすぎていたことに気づくケースがあります。
このような場合でも、払いすぎた税額に対して改めて更正の請求を行うことは可能です。
ただし、間違いやすい注意点があります。
それは、更正の請求ができる期限が、修正申告を提出した日から5年ではなく、当初の法定申告期限から5年以内であるという点です。
修正申告を行ったタイミングによっては、更正の請求ができる残り期間が短くなっていることも考えられます。
期限を一日でも過ぎてしまうと還付は受けられないため、日付の確認には注意を払う必要があります。
税額が増える誤りと減る誤りが両方見つかったら？
過去の帳簿を見直したり、税務調査で指摘を受けたりした結果、同じ年度内に税額が増える誤りと減る誤りの両方が見つかることがあります。
たとえば計上し忘れていた売上と、それに対応する仕入れの計上漏れが同時に判明するようなケースです。
このような場合、税金が増える分と減る分の手続きを別々に行うわけではありません。
これらの誤りを加味して正しい税額を再計算し、当初の申告より増えるなら修正申告、減るなら更正の請求と、どちらか一方の手続きにまとめるのが基本です。
ところが調査官のなかには、売上の計上漏れだけ先に修正申告させ、仕入れは後から更正の請求で、と求める人もいます。これは誤りです。
増える分だけの修正申告に応じると、本来相殺されるはずの追加税額が過大に計算され、加算税まで余計に膨らんでしまうため注意が必要です。
まとめ｜税務調査の不安や複雑な手続きは、無理せず税理士へ相談を
過去の確定申告の誤りに気づいたり、税務調査の連絡を受けたりすると、誰しも不安や焦りを感じるものです。
最後に、この記事の後半で取り上げた実務上のポイントを振り返ります。
- 税務調査で税額が減っても自動的に還付されるとは限らないため、調査の場での処理を依頼し、断られたら更正の請求を行う
- 個人の売上が法人に認定された場合は、個人側の職権による減額更正を求め、実際に行われたかを確認する
- 修正申告後の更正の請求の期限は、修正申告の日からではなく当初の法定申告期限から5年
- 増える誤りと減る誤りは通算し、一本の手続きにまとめる
特に、ペナルティの金額が大きくなりそうな場合や、税務署から還付請求を否認されるリスクがある場合には、専門的な知識を持たないまま自己流で対処するのは危険です。
税理士に依頼すれば、手続きの代行だけでなく税務署とのやり取りも任せられ、経済的な損失と精神的な負担の両方を抑えることができます。
一人で悩まず、一度専門家の意見を聞いてみることをおすすめします。
- 税理士・元国税調査官
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税理士登録番号154309 東京税理士会日野支部
東京国税局の調査部に在籍し、大企業を対象とした税務調査を約10年にわたり担当。「税務署はどこを見て、何を指摘してくるのか」を現場で知り尽くした国税OB税理士として、税務署側の視点を踏まえたリスク対策と実践的なアドバイスを行っています。
その後、東京国税局を退職して税理士登録・独立開業。現在は不動産投資家・経営者への税務顧問、法人・個人の税務調査対応、不動産の相続・贈与・譲渡に関する申告業務を専門としています。
自身も区分マンション・アパートへ投資を行う現役の不動産投資家であり、机上の空論ではなく、収益と節税のバランス、資金繰りや投資判断まで踏み込んだ提案ができることを強みとしています。
不動産投資・税務に関する書籍・記事の執筆、金融機関やメディア主催セミナーへの登壇も多数。主な著書に『元国税の不動産専門税理士が教える！不動産投資 節税の教科書』(ぱる出版)などがあります。
